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# Fichier script permettant de tracer la courbe de croissance
# Orsay
# 08/11/2012;15/11/2012; 15/11/2013
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# Par prudence, effacer les éventuelles variables utilisées lors des sessions précédentes
rm(list=ls(all=TRUE))
# Division de la fenêtre graphique en 4 parties (haut/bas;gauche/droite)
par(mfrow=c(2,2))
#
# 1 - Récupération des données dans la variable croissance (tableau de valeurs; variable indicée)
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croissance=read.table("./data/bacteria1.txt",h=TRUE)
# Il faut maintenant "attacher" les variables potentielles : temps et DO 
# associées au tableau croissance (variable "globale")
# Ceci est réalisé avec la commande attach
attach(croissance)
names(croissance) # permet de récupérer le nom des variables associées
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# 2 - Tracé de la courbe de croissance
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# plot(croissance), cette commande est une solution de facilité pour obtenir le graphe rapidement
plot(DO[DO<4]~temps[temps<200],pch=20,col="red",xlim=c(0,250),ylim=c(0,4.5),xlab="temps en min", ylab="Abs-600nm",main="Souche ORS2205",las=1)
# Dessin en rouge des mesures correspondants à la phase exponentielle (sur le premier graphe)
par(new=TRUE)  # permet d'ajouter un graphe (qui suit) sur le précédent
plot(x=temps[temps>=200],y=DO[DO>=4],pch=20,col="green",xlim=c(0,250),ylim=c(0,4.5),las=1,xlab="temps en min", ylab="Abs-600nm")
#
# 3 - Régression linéaire
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# Pour se convaincre de l'existence d'une phase exponentielle, 
# commençons par réaliser la courbe en log (dans la deuxième partie de la fenêtre graphique)
plot(x=temps[temps<200],y=log(DO[DO<4]),main="log(DO)=f(temps)",las=1,col="red",pch=21,xlim=c(0,200),ylim=c(-4.5,1),xlab="temps en min",ylab="log10(DO)")
# Une fois vérifié, vient le temps de la régression linéaire.
# On utilisera la fonction lm (lm pour : linear model)
lm(log(DO[(DO<4)&(DO>=0.017)])~temps[(temps<200)&(temps>=30)])
abline(lm(log(DO[(DO<4)&(DO>=0.017)])~temps[(temps<200)&(temps>=30)]))
#Coefficients:
#       (Intercept)  temps[(temps < 200) & (temps >= 30)]  
#            -5.00830               0.03406 
#
temps2=temps[(temps <200) & (temps >= 30)]
yreg=0.03406*temps2-5.00830 
#par(new=TRUE) 
plot(x=temps2,y=yreg,xlab="temps en min",type="l",xlim=c(0,200),ylim=c(-4.5,1),las=1,ylab="log(DO)",col="blue", main="vérification droite régression")
#
# 4 - Tracé de la partie déterministe de la courbe de croissance (phase exponentielle)
#     -----------------------------
plot(DO[DO<4]~temps[temps<200],pch=20,col="red",xlim=c(0,250),ylim=c(0,4.5),xlab="temps en min", ylab="Abs-600nm",main="Souche ORS2205",las=1)
# Dessin en rouge des mesures correspondants à la phase exponentielle (sur le premier graphe)
par(new=TRUE)  # permet d'ajouter un graphe (qui suit) sur le précédent
plot(x=temps[temps>=200],y=DO[DO>=4],pch=20,col="green",xlim=c(0,250),ylim=c(0,4.5),las=1,xlab="temps en min", ylab="Abs-600nm")
par(new=TRUE)
plot(x=temps[(temps<200)&(temps>=30)], y=exp(-5.00830+0.03406*temps[(temps<200)&(temps>=30)]),type="l",col="red",xlim=c(0,250),ylim=c(0,4.5),las=1,xlab="temps en min", ylab="Abs-600nm")