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Option Traitement et Analyse des Données Biologiques - L2S4

Séances et documents - Année 2021

Bienvenue dans votre Espace Numérique de Travail (ENT)!

Une étroite complicité entre l'enseignant et les étudiants est la clé du succès de cette formation. Je vous souhaite beaucoup de plaisir dans cette UE.

Espace Numérique de Travail (ENT) - Enseignement Numérique (EN)

Cette partie d'auto apprentissage est aussi importante que l'enseignement présentiel et nécessite d'y conscarer du temps, environ 1 à 2 heures par séance (vous le savez bien : on n'a rien sans rien!). Cela vous initie à l'enseignement numérique qui devient incontournable à notre époque et sera une des composante de l'Université Paris-Saclay.

[dernière mise à jour le 22/01/2020]

L'enseignement a lieu les mardi et jeudi de janvier Ă  14h00 en distanciel sur Collaborate

Rentrée : mardi 5 janvier 2021 - sur Collaborte

Les mots clé de la semaine :

data sciences ; valorisation des données ; statistique descriptive ; variance ;

 

Présentation de l'option TAB

Présentation de l'option (fichier pdf)
Présentation vidĂ©o de l'option (fichier mp4) [durée : 5 min. 15] 
Une autre façon de présenter l'option TAB (fichier pdf)

Plans des séances, photos de tableaux et diaporamas projetés en cours

> Chaque séance est couplée à un ou plusieurs documents numériques (vidéo, pdf, jeu, ...)

> Les défis sont proposés dans l'onglet "Les défis du L2"

  SĂ©ance 1 - Bienvenue Ă  vous! - Introduction et prĂ©sentation de l'enseignement
Les data sciences - Qu'est-ce que c'est ? A quoi ça sert? (vidéo mp4 de 4 minutes)
Types des Variables : tout ce qu'il faut savoir (vidéo mp4 de 11 minutes)
Fiche résumé sur les types de variables (fichier pdf)
Enregistrement 1/2 de la sĂ©ance1 (vidéo mp4)
Enregistrement 2/2 de la sĂ©ance1 (vidéo mp4)
Support de cours de la séance 1 (fichier pdf)
  SĂ©ance 2 - Ca y est, c'est parti! - Une petite initiation aux data sciences
Enregistrement vidĂ©o sĂ©ance 2 - partie 1/2 - estimations ponctuelles (vidéo mp4)
Enregistrement vidĂ©o sĂ©ance 2 - partie 2/2 - première expĂ©rience en data science (vidéo mp4)
Le diaporama complet sur l'analyse des données et les data sciences (fichier pdf)
La Statistique Descriptive, qu'est-ce que c'est ? (apprentissage vidéo de 10 minutes)
Fiche de synthèse sur la statistique descriptive (développé en cours, fichier pdf)
Calcul des paramètres statistiques et de leurs estimations - patie 1 sur 3 (développé en cours, fichier pdf)
Les diffĂ©rents types de vaccins envisageables et en cours de tests (vidéo recommandĂ©e de 3 minutes)
Prise en main du logiciel R, vos tous premiers pas avec R ( vidéo de 10 min pour les Ă©tudiants dĂ©couvrant R)
R - environnement de travail (pour les Ă©tudiants ne connaissant pas R; fichier pdf)
Installation de l'interface R_Commander [Rcmdr] (vidéo de 5 minutes)
Jeux n°1 (fichier pdf)
Défi n°1 (fichier pdf)
  SĂ©ance3 - Full action - RepĂ©rer et dĂ©crire les informations et les relier entre elles
Enregistrement vidĂ©o sĂ©ance 3 - partie 1/2 (vidéo mp4)
Enregistrement vidĂ©o sĂ©ance 3 - partie 2/2 (vidéo mp4)
Calcul des paramètres statistiques et de leurs estimations - patie 2 sur 3 (développé en cours, fichier pdf)
Premier jet du Grahique Data Science de l'exemple fil conducteur (fichier pdf)
i1 Fichier de données "human_morphology.csv" (fichier csv)
Jeux n°2 (fichier pdf)
Les jeux sérieux / serious games, quésaco? (et vous pouvez faire votre propre enquête)
Une petite introduction Ă  la Statistique InfĂ©rentielle (apprentissage vidéo de 2 minutes 20sec)
La statistique expliquée à mon chat : chaîne qui vaut le détour! (certains d'entre vous connaissent bien sûr)
Vocabulaire statistique (fichier pdf)
Exercice d'autoévaluation (QCS)
  SĂ©ance4 - De la rigueur dans la dĂ©marche - première analyse des donnĂ©es
Enregistrement vidĂ©o sĂ©ance 4 - partie 1/3 (vidéo mp4)
Enregistrement vidĂ©o sĂ©ance 4 - partie 2/3 (vidéo mp4)
Enregistrement vidĂ©o sĂ©ance 4 - partie 3/3 (vidéo mp4)
i1 Fichier de données "human_morphology_habitat.csv" (fichier csv)
i1 Fichier Annexe de l'analyse data sciences (fichier word)
Evolution du Grahique Data Science de l'exemple environemental (fichier pdf comprenant les jeux)
Quelques fonctions graphiques R (fichier pdf)
Loi normale : origine, propriĂ©tĂ©s, quantiles, fonctions de densitĂ© et de rĂ©partition (vidéo de 10 minutes)
A quoi sert l'ANOVA (ANalysis Of VAriance)? (vidéo de 3 minutes)
La boîte à moustaches ou boîte de distribution - boxplot (vidéo de 3 minutes)
  SĂ©ance5 - On ne change pas une Ă©quipe qui gagne! - Exploiter toute l'info d'un fichier
  Il va y avoir des jeux (oui, vous avez bien lu !) et des points Ă  gagner (forcĂ©ment!) dans cette sĂ©ance
Première ANOVA avec Rcmdr et première analyse inférentielle des données (fichier pdf)
i1 Fichier de données "human_health_habitat.csv" (fichier csv)
La Pvalue : l'élément incontournable des statistiques inférentielles (fichier pdf)
Enregistrement vidĂ©o sĂ©ance 5 - en un seul bloc (vidéo mp4)
Support de cours de la séance 5 (fichier pdf comprenant le jeux 3)
Le Théorème Central Limite (La statistique expliquée à mon chat -YT) (vidéo recommandée de 6 minutes)
Test d'indĂ©pendance du chi-deux ( vidéo de 12 minutes)
  SĂ©ance6 - On transforme l'essai - L'analyse multivariĂ©e : Chi2, ANOVA, Modèle LinĂ©aire
Enregistrement vidĂ©o sĂ©ance 6 - partie 1/2 (vidéo mp4)
Enregistrement vidĂ©o sĂ©ance 6 - partie 2/2 (vidéo mp4)
Support de cours de la séance 6 (fichier pdf)
i1 Fichier de données "nitraphos.xlsx" (fichier EXCEL)
Les tests d'hypothèse comparant deux moyennes (vidéo de 7 minutes)
Synthèse des étapes de la réalisation d'un test d'hypothèses (vidéo de 7 minutes)
Vidéo édifiante sur les microplastiques (sur YouTube)
  Avec les points "flash" obtenus en sĂ©ance 6 vous avez une nouvelle fois dĂ©valisĂ© la banque!
  SĂ©ance7 - On y est presque - Vers une Ă©tude en data sciences rondement menĂ©e
  Il va encore y avoir des jeux dans cette sĂ©ance - vous ĂŞtes rodĂ©s
Enregistrement vidĂ©o sĂ©ance 7 - partie 1/3 (vidéo mp4)
Enregistrement vidĂ©o sĂ©ance 7 - partie 2/3 (vidéo mp4)
Enregistrement vidĂ©o sĂ©ance 7 - partie 3/3 (vidéo mp4)
i1 Fichier de données "nitraphos.xlsx" (fichier EXCEL)
Le principe du test de Shapiro-Wilk (vidéo de 2 minutes)
Fondements de l'analyse bivariée (fichier pdf)
Grahique complet de Data Science portant sur l'exemple environemental (fichier pdf)
How to build a subset (fichier pdf)
  SĂ©ance8 - Vous pouvez dĂ©sormais voler de vos propres ailes
  Il va encore y avoir des jeux dans cette sĂ©ance! Si, si!
Enregistrement vidĂ©o sĂ©ance 8 - partie 1/2 (vidéo mp4)
Enregistrement vidĂ©o sĂ©ance 8 - partie 2/2 (vidéo mp4)
Fichier de données "sexratio_fishes" (fichier EXCEL)
Fichier de données "Culture Bio" (fichier EXCEL)
Fichier de données "regioselect" (fichier EXCEL)
Fichier de données "analyse_eau" (fichier csv)
   
  Lien vers l'Ă©valuation anonyme de l'UE :
qcm1 Questionnaire anonyme (ne répondez qu'une seule fois au questionnaire SVP)
  Vous pourrez accĂ©der au bilan des rĂ©ponses après avoir rĂ©pondu au questionnaire
qcm1 Bilan Questionnaire anonyme (pour accéder à l'analyse des réponses de la classe)

 

  Pour les plus curieux...
Vidéo recommandée sur les débris spatiaux (sur ARTE)
PropriĂ©tĂ©s des estimateurs ( vidéo de 12 minutes)
De l'utilité des estimateurs; statistique de test; ex du test de conformité (fichier pdf)
Enregistrement vidéo en live : de l'estimateur à la statistique de test (test-conformité)(mp4 de 26 minutes)

 

Bon apprentissage!

 

Téléchargements des Logiciels

Logiciel R - [The R Project for Statistical Computing] (choisissez la langue de votre version)
R studio (interface différent + options d'affichages. Environnement ressembant à celui de Stata)
Installation de l'interface R_Commander [Rcmdr] (vidéo mp4 de 5 minutes)


Les Fichiers de Données

i1 Fichier de données "dataset1" (fichier txt)

 

Scripts de commandes R

Pour récupérer les données d'un fichier dans R (fichier txt)
Script R enquête pollution rivière (fichier txt)
Script R pour commencer l'analyse des données de culture biologique (fichier txt)

 

Fichiers EXCEL

Histogrammme et Statistique descriptive sur les données de culture biologique (fichier EXCEL)
i1 Fichier de données "agronomy" (fichier xlsx)

Quelques tutoriaux

R - Diaporama Prise en Main du Logiciel R (fichier pdf)
R - environnement de travail (fichier pdf)
R - Fiche tutoriale 1 : importer - éditer - exporter les données d'un fichier (fichier pdf)
R - Fiche tutoriale 2 : créer/éditer/exécuter un fichier script (fichier pdf)
R - Fiche tutoriale 3 : s'initier Ă  la programmation avec R : concevoir et appeler une fonction (fichier pdf)
EXEL Vidéo_Tuto : graphe simple d'une courbe de croissance avec EXCEL (fichier html/avi)

Fiches Pratiques

Vocabulaire statistique (fichier pdf)
Quelques fonctions graphiques R (fichier pdf)
De l'utilité des estimateurs; statistique de test; ex du test de conformité (fichier pdf)
Petit lexique franco-anglais de biostistique (fichier pdf)

> Je recherche des volontaires pour réaliser le lexique en espagnol, en allemand, en italien, en russe

Les mots des semaines précédentes

qcm1 Valorisation des données

 

Annonces

qcm1 L'enseignement aura lieu les mardi et jeudi Ă  14h00 en distanciel

Autres

qcm1 fichier notes cc (provisoire)

 

 

Vous pouvez également visiter ma chaine biostatistique sur Youtube

(entrez "chaine biostatistique Youtube" dans Google)

 

Organisation du travail : vous allez comprendre au fil du temps que la meilleure façon de procéder est de créer un répertoire où vous rangerez vos scripts R, un autres ou vous rangerez vos données brutes, un autre répertoire pour les résultats et enfin un répertoire pour sauvegarder les fichiers images résultant de l'analyse graphique....

conseil : vous pouvez consulter la partie "Examen Pratique" même si cela ne correspond pas tout à fait à ce que nous allons faire ensemble (onglet "Contrôle des connaissances") et vous entraîner sur les problèmes proposés (travail en groupe de 2 à 4 étudiants conseillé)

 

< De nouveaux documents seront proposés au fil du temps>