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Séances en salle informatique

Objectif des séances pratiques :

analyse statistique utilisant EXCEL et R

- Fonctions de calcul de base et fonctions statistiques sous EXCEL

- Présentation des données expérimentales

- Gestion des erreurs

- Représentation graphique (synthèse statistique, liaison statistique entre variables ...)

- Application des fonctions associées aux lois de distribution

- Statistiques descriptives (réduction des données, graphes et calculs)

- Tests d'hypothèse (dont ANOVA à 1 ou 2 facteurs)

- Apprentissage dy logiciel R et application aux calculs et aux tests statistiques

- Recherche de maximum de vraisemblance

- Traitement de l'information d'une base de données de grande dimension

Avantage d'EXCEL : présentation personnalisée des données
Inconvénients : tests pas toujours aisés à réaliser (et certains tests ne sont pas possibles avec la version de base)

Avantage de R : tests précis, immédiats et faciles à programmer
Inconvénients : bien qu'assez complète, la présentation des résultats est sommaire

Pour ces raisons, nous utilisons les 2 logiciels en séances informatique

Travail sur les ordinateurs (présentation vidéo)
Prise en main du logiciel R (présentation vidéo)
Prise en main du logiciel Scilab (présentation vidéo)

 

 

Le coin des documents spécifiques aux séances 2013

 

Les séances en un seul clic

Tous les documents des séances EXCEL réunis dans un seul répertoire (fichier zip)
Diaporama cadran la séance sur la gestion des erreurs (pdf)
Tuto graphique (word)
Diaporama cadran la séance sur l'analyse graphique (pdf)
Le script de la courbe de croissance bactérienne avec lissage exponentiel (texte)
Le script de la courbe de croissance (6 mesures par temps / Intervalles de confiance) (prototype)
Le script de la courbe de croissance (6 mesures par temps / Intervalles de confiance) (Etape2)
Courbe de croissance et lissage réalisés avec EXCEL (6 mesures par temps) (fichier EXCEL)

Organisation du travail : vous allez comprendre au fil du temps que la meilleure façon de procéder est de créer un répertoire où vous rangerez vos scripts R, un autres ou vous rangerez vos données brutes, un autre répertoire pour les résultats et enfin un répertoire pour sauvegarder les ichiers images résultant de l'analyse graphique....

conseil : consulter la partie "Examen Pratique" (onglet "Contrôle des connaissances") et s'entraîner sur les problèmes proposés (travail en groupe de 2 à 4 étudiants conseillé)

 

Toutes les séances en salle informatique

 

A/ Introduction et Statistique descriptive (4 séances)

Documents relatifs aux séances consacrées à la statistique descriptive

Plan des séances

Plan des séances (fichier pdf)

Tutoriaux

R - Diaporama Prise en Main du Logiciel R (fichier pdf)
R - environnement de travail (fichier pdf)
R - Fiche tutoriale 1 : importer - éditer - exporter les données d'un fichier (fichier pdf)
R - Fiche tutoriale 2 : créer/éditer/exécuter un fichier script (fichier pdf)
EXEL Vidéo_Tuto graphe simple de la courbe de croissance avec EXCEL (fichier html/avi)
Diaporama Analyse Graphique (fichier pdf)


Fichiers de données utilisés (également téléchargeables dans la rubrique "Fichiers Sources")

Fichier de données "proteines3.txt" (fichier txt)
Fichier de données "proteines4.txt" (fichier txt)
Fichier de données "Croissance Bactérienne" (fichier txt)
Fichier de données "Croissance bactérienne avec limites " (fichier txt)
Fichier de données "Croissance bactérienne mesures multiples" (fichier txt)
Fichier de données "Culture Bio" (fichier txt)


Scripts de commandes R

Vidéo_Tuto premiers pas avec R (fichier html/avi)
Listing des premiers pas avec R (fichier txt)
Réalisation d'un premier graphique croissance bactérienne (fichier txt)
Graphique croissance bactérienne avec gestion des barres d'erreurs (fichier txt)
Croissance bactérienne sur points multiples avec gestion des barres d'erreurs (fichier txt)
Graphique des données avec tendance exponentielle (fichier txt)
histograme des données de culture biologique réparties en classes (fichier txt)
  => Attention dans le fichier donnant l'histogramme la mise à l'échelle des graphes implique les fréquences


Environnements de travail complets

Tous les fichiers créés lors de la 2ème séance (fichier compressé Zip)
Tous les fichiers créés lors de la 2ème séance organisés en répertoires (fichier compressé Zip)


Fichiers EXCEL

Le premier fichier EXCEL créé (fichier Excel)
Fichier EXCEL Croissance Bactérienne - version avec barres d'erreurs (fichier Excel)
Fichier EXCEL Inhibition Enzyme (fichier Excel)
  Il serait bon que vous preniez tout d'abord le temps de refaire posément vos calculs, éventuellement à partir des fichiers sources
Etat final du fichier Excel "Culture Bio" (fichier Excel)

 

B/ Lois de Probabilités

Documents relatifs aux séances consacrées aux Lois de Probabilités

Tutoriaux

Diaporama Lois de Probabilités (fichier ppt)
R - Fiche tutoriale 3 : débuter la programmation avec R (fichier pdf)



Scripts de commandes R

Loi Binomiale (fichier pdf)
Résolution de l'exercice "séquence aléatoire" (fichier txt)
Premier contact avec la loi de Poisson (fichier txt)
Tendance Normale de la Loi de Poisson (fichier txt)
Schéma (à la main) correction de l'exercice sur le maïs (fichier ppt)
Loi Normale (exercice sur le maïs) (fichier txt)
Loi Normale (utilisant un programme écrit en langage R) (fichier txt)
bouton Script utilisant une boucle "for" permettant d'afficher l'évolution de la loi Binomiale avec N (fichier txt)
bouton Fichier de distributions observées proches d'une binomiale (fichier txt)
bouton Script exploitant le fichier précédant et comparant les distribution observées à une loi Binomiale (fichier txt)


Fichiers EXCEL

Lois de probabilités usuelles (fichier Excel)

 

Exercices

(travail conseillé mais non obligatoire)

1 - A partir de votre fichier numérique "Culture bio"

a/ Déterminer avec EXCEL les différents quartiles de la distribution (données brutes)
b/ Réalisez le diagramme en boîte à moustaches de la distribution des valeurs
c/ Faites ce même travail avec le logiciel RA partir du fichier suivant

2 - A partir du fichier Fichier inhibition enzyme (fichier txt)

Réaliser la courbe de l'activité enzymatique en fonction de la concentration d'inhibiteur, en incluant les barres d'erreurs.

3 - Réalisez un script R permettant de visualiser la tendance Normale de la loi Binomiale lorsque N>5 (en 3 ou 4 courbes superposées)

 

C/ Jugement sur échantillon (séance réalisée avec EXCEL et le logiciel R)

E-1/ Test du Chi-deux

Fichier 1 (couleur des yeux) (fichier texte)

E-2/ Tests paramétriques

Listing des tests paramétriques réalisés en séances avec R (fichier WORD)
Diaporama cadran la séance sur le jugement sur échantillon (pdf)

D/ ANOVA uni et multifactorielle (séance réalisée avec EXCEL et le logiciel R)

Fichier EXCEL de l'exemple traité en cours (EXCEL)
Fiche résumé de cours sur l'ANOVA (pdf)

 

E/ Bases de données en biologie (séance réalisée avec Access)

Pollution des sols (exemple traité en M2 - Environnement) (Fichier Access)

< De nouveaux exercices pratiques seront proposés au fil du temps>